根據復國墩貝塚遺址，早在距今6300~5500年前，金門即有先民居住。生活型態以採集、漁獵為主，由出土文物推測，可將南島民族的祖先型文化，從台灣的大坌坑文化上推至亞洲大陸東南沿海早期的復國墩遺址。
東晉元帝建武年間（西元317年），因五胡亂華，中原紛擾不安，六姓居民移居浯洲。唐德宗貞元19年（西元803年），牧馬監陳淵率十二姓氏到浯洲開墾，島民逐漸繁衍。北宋神宗熙寧、元豐年間（西元1068-1085年），首次正式納入地方行政區，屬同安縣。相傳南宋朱熹曾於此設立燕南書院宣揚禮教，因文風鼎盛而有「海濱鄒魯」之稱。元成宗大德元年（西元1297年），建浯洲鹽場，徵鹽供給內地。
明初東南沿海盜寇猖獗，金門因位處海疆交通要道，明太祖洪武20年（西元1387年），江夏候周德興在島上築城池並設立守禦千戶所，因其形勢「固若金湯，雄鎮海門」，「金門」因而得名，並自此成為海疆防禦重鎮。明朝永曆年間（西元1640年代），鄭成功進駐金、廈兩島，迎監國魯王，以此作為反清復明基地。清時金門設有獨立的水師，仍是一海防要點。
清宣宗道光年間鴉片戰爭後（西元1842年以後），廈門為開放五口通商口岸之一，金門人開始大量由此遠渡南洋等地謀生。
民國4年，金門正式設立縣治。民國26年，抗日戰起，日軍佔據金門八年。民國38年10月25日，爆發古寧頭大戰，決定了海峽兩岸對峙的局面。民國45年開始實驗戰地政務，設立金門戰地政務委員會。民國47年發生八二三砲戰，短短44天，金門落彈47萬餘發；此後中共又持續單打雙不打的砲擊近二十年。民國81年終止戰地政務，回歸地方自治。