金門列島的自然環境及地理區位與中國東南沿海其他地區類似，理論上在史前文化適應與人群遷徙等考古學議題上具有可比較性，金門的史前遺址應該在全新世以來的人類文化適應及南島語族的遷徙與擴散等問題的探討上佔據一定的地位。然而，過去有關金門的考古調查與研究多著重於資料的呈現與描述，較少討論及分析遺址的文化內涵。此外，近來中國東南沿海的考古調查工作有較多的進展，許多新的發現都分別為上述議題提供了重要的線索（王銀平 2017; 焦天龍 2013 ）。在這樣的發展下金門的史前遺址相對並未獲得充分的重視。
因此，本計畫的目的是希望藉由深入探討金門史前文化內涵，重新理解金門及周邊地區史前文化的異同及其意義，使金門的史前文化資產得以納入上述兩項議題的討論之中。藉由全面性地理解金門在大陸東南沿海史前時期的文化發展過程，重新建構國家公園及金門地區的歷史展示。