金門地區生物資源豐沛，慈湖與陵水湖均為生物棲息之重要濕地，而蘭湖、瓊林、擎天水庫則為生物遷徙活動之重要連結點。然而，過去研究多著重於鳥類、水獺或植物等自然資源調查，較少以生態系觀點針對水域棲地及水生生物做統合性分析，更遑論周邊人類利用方式與濕地關聯性之探討。因此，為瞭解影響各濕地生態系之重要因子，本研究將以生態系角度探討各濕地之棲地環境現況。除了生物與環境之相互關係外，更融入周遭土地利用現況及人為活動調查，以探討人類影響這些濕地生態系之生物多樣性與功能，藉由改善不當之利用行為，達成濕地生態系之明智利用與永續。