中山紀念林位於金門國家公園範圍內，也是金門帄地環境中最大面積的人工林。近幾年來，造林的主要樹種濕地松大量感染松材線蟲，狀況日趨嚴重。因應松林面積持續減少，經營策略應是順應金門原有的生態系，重新規劃、調整中山紀念林的植物社會，並透過動物、植物資源調查，以生態系統的尺度思考林相改良的策略方法，順勢調整.森林管理方向。
動物調查依據哺乳類、項類、爬行類、兩生類、蝴蝶、蜻蜓、夜間昆蟲之生態特性，分別以季或逐月調查的方式進行；植物調查則以園區內步道、自行車道為穿越線軸心，期全面了解中山紀念林的動、植物組成現況及空間分布。
調查結果項類及昆蟲是園區物種豐富度較高的動物類群，項類及爬行類分別有 10 種及 2 種保育類物種，在後續棲地營造及維護管理時需特別注意此類稀有物種的族群動態。園區內水域面積相對狹小，但對於龜類、兩生類、蜻蜓等動物類群分布具有密切相關的水域環境，應予保存同時思考透過棲地改良方式，提高微棲地的多樣性，將有助於提高物種組成的多樣性及族群量。
夜間燈光昆蟲誘集，夏季期間兩次調查都記錄松柴線蟲的媒介-松斑天牛，對園區內健康的松樹族群存在持續的威脅，建議應加速將已染病或完全枯死之松樹感染源徹底挖除清運，減少萎凋之松樹吸引松斑天牛前來產卵繁衍的空間。園區目前已經開始移除受松材線蟲感染的濕地松，建議部分人為活動較少的區域嘗詴規劃為自然更新分區，讓移除濕地松之後的開闊地部分可自然更新，並持續進行相關監測。
中山紀念林森林樣區調查結果，木本植物以濕地松最為優勢，木麻黃屬植物次之，這兩種 IV 值之和達 75.94，是中山紀念林主要優勢樹種。地被植物樣區 IV 值最高前 10 名物種，最高者為草本的桔梗蘭， 除喬木的潺槁木薑子、草本的大花咸豐草、灌木之紅梅消及灌木的石斑木，多數種類皆為藤本植物。其中地被植物樣區 IV 值前 10 名中有半數為藤本植物，由此可知其重要性。藤本之入侵種為三角葉西番蓮、馬櫻丹、槭葉牽牛、與西番蓮，餘皆為原生。
透過樹木齡級分布曲線，濕地松是目前立地的優勢樹種，胸徑1-5 公分、稚樹及樹苗等個體數少，徑級結構呈 J 形，研判更新狀況不良。木麻黃屬植物有充分的苗株與小徑木，判斷更新狀況良好，但樣區少見木麻黃屬植物實生苗，可辨識者多為根蘗，多屬無性繁殖。各地被樣區內原生與外來種(含歸化與入侵)植物種數，木麻黃林的物種數最少；規劃 2019 年造林區雖然外來種數較多，但原生種數也較高。 以中山紀念林區域內原生種子植物 177 種計算，中山紀念林的蕨類商數為 2.40，稍微高於金門島的蕨類商數 1.58。
中山紀念林雖曾為全面人為改造過的區域，金門植物誌發表後又在此發現多種新記錄種植物，包含新記錄屬與科、木本植物等，推測中山紀念林人為活動區域通常僅限於步道與自行車道，森林內部極少受到干擾，可能因此而保有許多植物資源，甚至也可能因項類遷徙而自中國大陸或其他地區帶來種源。
根據中山紀念林目前土地利用模式、野生動物分布以及植群調查之結果，建議將中山紀念林區分為三個不同強度的經營區域，包括景觀遊憩帶、林相經營帶以及自然生態帶。
三處不同帶的經營方法將依據環境特性進行分區管理，使這三處不同特色之區域，結合成為完整的中山紀念林，以維持整體區域環境多樣性與生物多樣性。專家會議決議應加強環境教育以提升一般民眾對於病蟲害的防治概念，景觀遊憩帶以人為活動、景觀為經營理念，可以較強度經營；
林相經營帶則以林相景觀經營，以低強度方式維持區域內之林相狀況即可，未來濕地松被害木伐除區除非裸露嚴重，盡量以自然更新為主；自然生態帶除非有特殊需求，盡量減輕人為的干擾，以自然演替作為經營核心概念。