早年金門為軍事重地，居民的生活作息及觀光都有諸多限制，棲地環境也是華南地區少數較友善野生動物生存的珍貴空間。根據金門結束戒嚴、開放觀光之初的調查，全島大部分水域及沿海地區均可發現歐亞水獺活動的痕跡，特別是東部地區，人口聚集較不明顯之地。但當戰地戒嚴任務結束後，金門陸續展開各項發展，當地地形地貌、植披水系皆有相當大的變動，野生動物的棲息與地方開漸漸開始有所衝突。當地水獺族群的生存面臨巨大壓力，路殺和誤捕的新聞時有所聞。為此，金門國家公園管理處委託臺北市立動物園辦理本計畫，進行金門水獺的族群量及族群結構調查與研究，建立金門水獺重要機本生物學資訊，為日後擬定物種保育策略建立重要基礎。本年為第一年度，目標如下：
（一）進行現有資料彙整、呈現已累積的族群遺傳研究工作成果，將目前已知的個體資料具體地建立親緣連結，整理出金門水獺家族譜系的基本架構。
（二）整理大陸鄰近地區的歐亞水獺分布資訊及分子生物學資料，加入金門水獺族群譜系中並進行比較親緣分析。
（三）進行排遺採樣調查，並進行DNA萃取、微衛星個體鑑定及分析等實驗室工作。每年檢驗500件排遺樣本，以監測當年族群動態及擴增譜系資料庫內容。