金門是海島,屬於小型島嶼的生態體系。因為金門開發得早,並且經歷了多次戰爭,大型野生動物資源較少,但有瀕臨絕種的保育類哺乳動物-水獺。另外還有屬於古老的活化石「鱟」及「文昌魚」,十分珍貴。金門位於大陸邊緣,且是候鳥遷徙的中繼站,故鳥種最為多樣,每年秋冬大批候鳥到此渡冬,也形成特殊的景觀。