新型コロナウイルス関連肺炎感染対策のため、金門国家公園管理処は、既に2020年01月30日より、馬山坑道、南山頭坑道及び瓊林養拙楼坑道等の密閉された狭い空間を一時閉鎖しており、また、先日からは、屋内スペースに入る際に体温測定と実名の記録を開始した。
近頃の感染増加を受け、中央感染症指揮センターのソーシャルディスタンスに関する規定を遵守するため、また、感染症予防のニーズに応えるため、園内各スポットにある屋内メディアルームを2020年04月25日（土）より一時閉鎖する。それ以外の展示場所は通常通り開放し、ソーシャルディスタンスを確保した上で参観できるようにしている。
現在、前例のない感染症の被害が世界中に広がっている。感染症の拡大を防ぎ、感染のリスクを減らすため、政府の定める各種感染症予防対策を実施しており、市民の皆さんにはご不便をお詫びする。皆で力を合わせて感染症対策に取り組み、感染症に打ち勝とう。