本所各部署の職掌は以下の通りです。
1.企画経理課：国立公園計画の制定、検討及び変更の掌握管理。国立公園事業案の審査、監督及び土地区分使用申請案の審査管理。国立公園エリア内の管理規定の制定及び解釈表示、並びに、国立公園エリア内の関連機関との事業協力の手配。
2.環境保護課：国立公園内の戦役、文化史跡の復旧施設、資源保護施設、レクリエーション施設、公共施設、解説施設、安全施設、道路及びその他の付属施設等の工事の企画設計、受注監督及び施工安全、測量及びその他の関連事項。
3.レクリエーションサービス課：旅客管理、レクリエーション計画及び旅行事業管理を含む国立公園内の観光レクリエーション業務。
4.保育研究課：国立公園戦役史跡、文化遺跡、民俗文物、自然景観、生態資源の調査研究、保育措置及び区