金門是海島，屬於小型島嶼的生態體系。因為金門開發得早，並且經歷了多次戰爭，大型野生動物資源較少，但有瀕臨絕種的保育類哺乳動物－水獺。另外還有屬於古老的活化石「鱟」及「文昌魚」，十分珍貴。金門位於大陸邊緣，且是候鳥遷徙的中繼站，故鳥種最為多樣，每年秋冬大批候鳥到此渡冬，也形成特殊的景觀。
