慈湖解說站一帶原是一處海灣，湖下濱海古寧頭一帶和南山濱海烏沙頭這兩個犄角之間，以前原有一條天然的港流，一直通達至古寧頭港，遇漲潮時單桅帆船可直駛至北山村來靠岸，是商人貿易的交通要站。港內有大面積的泥灘地，灘上則遍佈蚵埕。同時湖下、西浦頭、古寧頭三村村民也常在此一帶海域，從事漁撈活動，後來慈堤圍築，這裡的環境改變，形成灌叢、水澤、草地、林木等間雜而成的新空間，草澤豐美，魚、蝦、貝類生物仍然多樣而豐富。
金門縣農會曾在這裡蓋豬舍，輔導農民養豬；後來再由漁會接管養殖蝦子，最後則再交由水試所養龍鬚菜，龍鬚菜是一種廣溫性的生物，比較不受環境氣候變化的影響，水試所養殖龍鬚菜，主要是作為九孔的餌料(食物)。後交由金門國家公園管理，利用原空置的農舍做為一處讓遊客與在地居民和自然親近的環境，並提供生態解說，體驗湖泊、沼澤生態。