重特殊傳染性肺炎(武漢肺炎)疫情於國際間尚未趨緩，且因武漢肺炎期間，金門航空載運於108年12月22日載客3,035人，惟至109年3月份，平日載客量已降至1,000人以下；又小三通出入人數在108年12月尚有124,389人(五通、石井)，惟自2月10日暫時關閉後已無遊客通行，遊客量銳減嚴重影響當地觀光產業，更造成當地民宿及賣店之經營上不少衝擊。各國家公園之遊客量亦受疫情影響並直接衝擊所委外經營、出租之場所或設施之營運，而內政部體察業者營運之困難，為因應疫情影響以順利度過難關暨強化國家公園夥伴關係，特訂定「內政部對受嚴重特殊傳染性肺炎影響發生營運困難國家公園事業紓困辦法」，並於109年3月12日發布實施，將可補貼經營者租金之負擔。補貼額度將以遊客量與前一年同月份遊客量相較之減少比率計算，最高可全額補貼，紓困辦法已登載於內政部營建署網站法規公告區，有興趣的民眾可以上網查詢。
金管處為積極配合內政部紓困政策，已於109年3月13日主動邀集各民宿賣店業者辦理租金補貼申請，目前已提送申請2月份租金補貼之民宿賣店業者已達9成以上，金管處將持續依照規定辦理補貼事宜。