金門的地質景觀雖然不是世界上最壯闊奇特的，但是這座地質舞台卻蘊含著華南沿海地區億萬年來地質變動的奧秘。 根據學者的研究，研判在一億三千萬年前的燕山運動，金門所在的華南沿海地區發生了大規模的花崗岩漿活動和造山運動，並隆升形成一座巨大的山脈。
到了一億年前，此時因造山增厚的岩石圈，其底部因過重而開始脫落，於是持續發生了地殼張裂、山脈坍塌等現象。金門的岩石多為山脈核心的部分，屬於深部地殼的花崗岩，由於造山帶的崩毀，加上剝蝕、移除等作用，這些原本形成於二十多公里深處的地殼出露地表，形成金門的基磐岩石；因此從金門的基磐岩石就可以見到這段地質演化的縮影。
之後地表上風化、侵蝕、搬運、沉積等作用不斷地進行著，於是在古老的岩磐上，由下而上依序堆疊了金門層、紅土礫石層，以及現代沉積物，成為現代金門島的基本模樣。金門的海岸則有花崗片麻岩被海水侵蝕而形成之崖面或平台，還有發育良好之沙灘，沙岸、岩岸、泥岸交錯構成了本園區豐富多變的海岸景觀及生態環境。
由於受到地形的影響，金門地區的河流都是涓涓細流，河流短且流量少。為解決水荒的問題，近數十年來，島上軍民大興水利，攔河築壩，鑿建數座人工湖庫，除兼具蓄水、灌溉、給水等功能，對環境生態亦有極大的貢獻。