本計畫自2002年開始，迄今（2010）已邁入第七年的進程，監測工作於2007～2008年暫停兩年，於2009年重啟監測工作。
有鑑於解嚴後的金門面臨過度開發與建設的危機，人為破壞亦危及原本軍政時代所保留下來的原始生態，因此金門國家公園設定本項監測計畫，藉以邀集生態學者及本地相關領域的師生和居民，建構環境資源管理暨夥伴關係的發展，針對金門地區具有代表性的生物，透過長期觀察監測，建立其族群變遷的基礎資料，為日後繼續追蹤監測之依據。
俾普及生態保育之觀念，確保這些獨特豐美的生物資源，永續金門地區多樣性的生態體系。