金門國家公園為持續監測園區自然生態系統，以維護生物多樣性，持續辦理重要物種的監測，透過觀察重要指標動、植物族群的狀況，俾能了解園區生態系統之變化，並藉助與社區居民建構夥伴關係，用以深化環境教育，裨益落實金門重要物種保育之效益。為利於監測結果的分析比較，監測方法回復 2012 年設定之模式加以改進，調查頻度以每 1～2 次定期例行調查為原則，族群變化較快的金門水韭、食蟲植物及黃邊鳳蝶等以每半月進行 1 次例行調查，其他類項則以每月 1 次例行性之調查。於物種族群遷移、演替季節再增加機動性巡察輔助，必要時則實施全區普查。調查記錄以直接目擊與望遠鏡觀察並用，或取樣區估算族群的大小；酌參農委會制定各類物種的調查標準作業來執行。
本團隊於時隔 7 年後再度從事監測計畫，前後相隔時間的尺度加大，相形之下，在氣候、重要物種族群及重要溼地鳥類群聚等呈現更明顯的變化，尤其是氣溫和降雨等環境因子的變化。今年 1～11 月的平均氣溫 22.8℃，較 2012 年同期高 1.2℃，首季的月平均溫較 2012 年同期高了 1.6℃～3.6℃。前 11 個月的降雨僅 90 天累積829.5mm 雨量，大多集中在 3～6 月，1 月及 9～12 月約有 4 個月罕見降雨。乾溼不定的棲地，不利監測物種族群的發展。地球暖化與極端氣候現象對棲地脆弱的物種立即造成負面效應，刻已威脅田浦溼地原本岌岌可危的食蟲植物面臨存亡的考驗。颷高到 38℃以上的高溫池水，再以秋、冬季長期乾涸，致使金門水韭族群逐漸腐敗或枯死；屬於灌木的廈門老鼠簕植株略增，族群相對穩定。 黃邊鳳蝶的族群總量遠不及 2012 年同期的半數，6 月高峰期的成蝶量更不及此前的五分之一，幼蟲發生高峰期較過去提早 1～2 個月。雖然幼蟲食草的潺槁樹嫩芽、嫩葉維持不缺，仍須有蜜源植物招引成蝶產卵。後續於黃邊鳳蝶棲地管理策略應著重動、植物間的交互作用。至於另一特色物種的三棘觷，各月記錄稚鱟族群量雖然略高於歷年同期監測的最低量，卻大多在最高量的二分之一以下；已移除入侵種的互花米草再度萌生，移除工作半途廢弛將會前功盡棄。 猛禽是田野食物網的最高級消費者，也是反應自然生態良窳的指標生物。當前金門田野零亂的建物，以及林地大量的開發，觀察猛禽活動現況，二者的因果關聯，可以視為地方環境變遷的重大警訊。 慈湖、陵水湖的鳥況在金門鳥類多樣性具有舉足輕重的關鍵。各溼地記錄的鳥種數雖然略有增加，可是整體鳥口數量卻普遍減少，尤其以鷸科、鴴科及雁鴨科為最。就本次鳥類群聚監測所建立的資料，亦可續作鳥類多樣性的數值分析，裨益評估各樣區鳥類物種的豐富度、歧異度、均勻度及優勢鳥種。正視全球氣候變遷及大環境的改變，本監測計畫也須善盡地球公民之責。
監測計畫施行至今已有 11 年，金門國家公園協同相關權責單位著力於三棘鱟的復育，以及栗喉蜂虎、歐亞水獺等物種棲地的營造與維護，對監測結果的正面回應，是復育成功的典範。「沒有復育作為的監測，只是見證物種消失的遺憾」，監測工作與復育計畫仍得兼籌並蓄。 維護重要物種及其棲地生態，仍須以加強保育巡查和宣導，減少不當旅遊行為對珍稀生物、特色物種及其棲地的危害。後續於執行金門重要物種長期的監測計畫，可朝向培訓穩定且均質的在地調查人員、建立高信度的調查模式，並以每 3 年實施一次的固定頻度來落實。據此，應可提昇本監測計畫的價值，裨益獲致更大貢獻。