本計畫係結合在地保育社團、學校師生及鄉民建構夥伴關係，針對金門地區11 種「明星物種」及重要鳥類棲地，經由長期監測以建立族群變化的基礎資料，藉以提供金門國家公園管理處因應後續經營管理之參考，俾保育這些獨特物種，永續金門多樣性的生態體系。
計畫自2002 年開始，迄今（2011 年）已邁入第八年之期程。監測方法概以農委會設定之生物調查標準作業程序進行。植物族群數量調查採用樣區估算法；三棘鱟族群以畫定樣線調查稚鱟的數量；其餘動物則採用定點、穿越線或地毯式之調查。監測頻率因物種不同而異，
三棘鱟、黑翅鳶及慈湖、陵水湖鳥類群集以每月進行1 次的調查記錄；其他物種如水韭、金錢草、長葉茅膏菜、長距挖耳草、絲葉狸藻、黃邊鳳蝶、三棘鱟等則以每隔半月調查1 次為原則。監測樣區因物種族群變動而適時予以調整，並建立GPS 的定位資料。
就本年度監測的指標生物中，水韭賴以生長之水池，因先天棲地太小，物化環境極不穩定。突如其來的大雨的沖刷導致水韭孢子不斷流失；夏季不斷飆高的水溫則易造成水韭植株的腐爛死亡。由於先天不良與後天環境惡化的雙重衝擊下，水韭已難以在該棲地繼續存在。
四月間金門縣政府委託荒野協會協在食蟲植物棲地構建栗喉蜂虎的營巢地，業已改變該濕地原有生態的樣貌，造成各種食蟲植物的族群急遽萎縮。
黃邊鳳蝶在太武山和中山林的族群較穩定，數量較歷年同期為多；其餘三處較小的棲地則僅零星數隻而已。蜜源植物是招引黃邊鳳蝶到食草植物（潺槁樹）產卵的誘因，可供作棲地營造之參考。三棘鱟於三處潮間帶今年族群數量亦不如往年，除北山甲的監測樣線因有水
試所流放稚鱟而數量略有成長外，其餘4 條監測樣線的族群都 較往年萎縮，在南山的兩條監測樣線幾乎沒有稚鱟的蹤跡。
鳥類方面，黑翅鳶在六月以前及七月都未曾在穿越線上觀察到，其他各月份也只有1～5隻的記錄，該物種在金門遽減所面臨的生態狀況為何？有必要專案計畫來探討。栗喉蜂虎到達的時間比去年又延後一週，歷年族群最大的東美亭夜棲地仍有一部分移棲金龜山；在各夜棲地的族群有逐年遞減之現象。由於夜棲地和營巢地屢遭開發破壞，因而縮減了牠們生存的100 年度金門國家公園環境長期監測vi空間。向來鸕鶿族群極為穩定的慈湖夜棲地，也因木麻黃棲木逐漸減少，下半年已有超過一千隻移棲到金龜山，目前全島鸕鶿族群數量仍可維持穩定發展。重要溼地的鳥類群集監測除原來的慈湖外，本年度增列烈嶼陵水湖的鳥類監測，這兩處濕地目前棲息的鳥類尚稱穩定。
慈湖的水位若能適時加以控制，並營造有利鷸鴴科停棲的環境，可望吸引更多水鳥的棲息。
金管處為維持鳥類棲地的自然環境，取消98 年研擬的陵水湖整體規畫工程，因此有些月份的鳥種數和總鳥口數反而較慈湖為多。
水獺排遺在六處水域除古崗湖外其餘湖庫均有水獺排遺分布，其中太湖、田埔水庫、蘭湖的排遺量持續維持穩定，榮湖、雙鯉湖的排遺量較往年少。至於古崗湖已持續三年沒有水獺排遺記錄，整治湖庫或棲地的施工時機及工法，可能是影響水獺停棲的關鍵，後續工程規劃應深思熟慮。
氣候變遷與不當開發對島嶼脆弱生態系的挑戰顯而易見。棲地愈小、食物網愈簡單，生態系的自然調節作用也愈少，則對生存於其間之生物是一項艱鉅的考驗。就一年來的監測結果顯示，生長在太武山苗圃棲地的水韭、田浦濕地的食蟲植物、農試所夜棲地的栗喉蜂虎等，業已面臨嚴峻的生存危機。
本年度的監測數據呈現族群數量明顯減少的物種，包括水韭、長葉茅膏菜、絲葉狸藻、三鱟及栗喉蜂虎、黑翅鳶等，宜思考針對這些特定物種之生態逐年列入專案研究計畫，並將物種的監測擴展到棲地的群集。多處自然棲地仍在持續惡化之中，後續維護工作是保育的重要
課題，更須建立金門重要濕地（如后江灣）生物多樣性的資料，裨益爭取棲地保留之依據。
部分指標物種因生態的自然演替及棲地環境之改變，終將滅絕消失，建請於中山林園區內設置「種源培植園地」，俾保存瀕危的珍稀植物，
任何物種皆有一定的生態棲位(ecological niche)，對棲地也都有其特殊要求。處理棲地的生態問題，除了實務的經驗外，尚須對於生態法則有充分的瞭解，否則不僅難竟其功，反而造成許多不必要的後遺性。對棲地的置之不管，或是過度介入的干擾，在在威脅到當地物種的生機，於棲地經營管理之層面，必須慎重其事。
維護島嶼生態原來就是嚴峻的課題，更何況是金門這塊蕞爾小島，一旦棲地有些許風吹草動，即可能造成對某一物種的生存威脅。「生態保育」與「環境維護」已是普世所共同關切的議題，為了達成保育的共同使命，環保團體的願望須有政府部門公權力的施為，二者須結合成良好的夥伴關係，方能落實永續發展的目標。