(一)水域生物
水域生物調查項目包含魚類、蝦蟹類、螺貝類、浮游動物、浮游藻類。2023年1、4、7、10月4季調查共記錄魚類12科25種，螺貝類10科17種，蝦蟹類12科24種，浮游動物25大類，浮游藻類62種，並無發現任何特有種。
魚類、蝦蟹類有相似趨勢，在物種數的部分，皆以靠近閘門處樣點(C1)紀錄物種數最多。可能因靠近閘門，海水交換較佳，有較多物種。群聚分析的部分，則以季節差異較明顯，樣點差異不大。由於魚類、蝦蟹類等習性皆以春夏活動為主，且因其移動性較高，可能導致樣點差異不大。
螺貝類包含腹足類(螺類)及雙殼類(貝類)。在腹足類的部分，除了C5樣點以偏好淡水之流紋蜷為主，其他樣點差異不大。雙殼類部分，則以C2、C3紀錄物種數較多。本研究以相關分析尋找影響螺貝類之主要環境因子。分析結果顯示底質粒徑對於貝類影響較大。C2、C3因底質環境為顆粒大、粉泥黏土含量底質，為適合貝類生存之棲地，使其總和螺貝類多樣性較高。
浮游動物季節差異較明顯，樣點差異不大。本研究補充調查慈堤外海浮游動物類群，結果發現與慈湖內樣點相似。顯示慈湖內浮游動物可能主要是從閘門輸入，因此其季節變化、群聚組成受到外海影響大，而與慈湖內環境因子較無相關性。浮游藻類則以東側溝渠樣點有較高之藻類豐度、物種數。由於藻類受到營養鹽影響，東側溝渠為慈湖營養鹽主要收入來源，導致藻類物種數也較多。
(二)鳥類
本研究1、4、7、10月4季調查共記錄40科122種鳥類，共計5,480隻次。包含Ⅰ級保育類1種(黑面琵鷺)，Ⅱ級保育類12種(環頸雉、小燕鷗、白琵鷺、魚鷹、灰面鵟鷹、赤腹鷹、黑翅鳶、黑鳶、東方鵟、遊隼、大陸畫眉、八哥)，3種Ⅲ級保育類(紅尾伯勞、大杓鷸、燕鴴)。
(三)生物年間比較
在年間數量比較上，魚類、蝦蟹類、螺貝類均呈現穩定狀態，數量近年皆無顯著差異，且出現種類相似。螺貝類部份，物種組成有年間差異。2016年因尚外開始閘門操作，淡水輸入影響大，因此東側樣點流紋蜷多。然自2017年閘門操作後，海水穩定輸入，東側樣點流紋蜷減少，轉變成以燒酒海蜷、栓海蜷等較為優勢。顯示慈湖整體底棲生物近年已由淡水型轉變成海水型。
浮游動物、浮游藻類則有和2017年相比，2023年豐度減少的狀況。在浮游藻類部分，2017年營養鹽濃度較高可能是導致浮游藻類豐度較高的原因。在浮游動物的部分，由於本研究發現慈湖之浮游動物主要來自閘門輸入，因此年間差異應與年間外海浮游動物狀況改變有關，而非慈湖本身環境改變所致。
鳥類部分，本研究將近年(2018~2023年)鳥類資料進行群聚分析，檢視近年鳥類群聚狀況。結果顯示2018年鳥類群聚與其他年份(2019~2023年)有顯著差異，2018年雁鴨科、鷸科、鴴科與其他年份相比較少。雁鴨科、鷸科、鴴科之增加，與後續年份調查樣區範圍(包含魚塭區)較大有關。整理而言，近年鳥類狀況穩定。
(四)水質調查
現地水質受季節影響大，在慈湖各樣點差異不大。東側溝渠因承接民生污水、農業廢水，為主要慈湖營養鹽、有機質等污染物輸入之主要來源。根據環保署之地面水體分類水質指標，慈湖1、4、10月之水質符合丁類，即適用於灌溉用水、二級工業用水及環境保育。7月水質符合戊類，即適用環境保育。造成水質指標較差的原因為懸浮固體、生化需氧量超標。由於慈湖水深淺，懸浮固體容易受到風浪擾動而導致懸浮固體超標。
慈湖水質主成分分析結果顯示，主要影響慈湖水質之主成分為東側溝渠輸入之有機物、營養鹽。因東側溝渠會輸入民生、農業廢水，為慈湖主要水質污染來源。另外，降雨量亦為影響慈湖水質之因子。大量降雨將導致上游營養鹽被沖刷，並從東側溝渠輸入慈湖。
年間水質比較部分，現地水質受到季節變化較明顯，年間並無明顯變化趨勢。營養鹽的部分，2016年以前時有營養鹽過高，水質狀況不穩的問題。但2017年後營養鹽濃度雖有季節變化但無偏高狀況，代表水質狀況穩定。整體來說，自2017年開始閘門操作後，慈湖水質處於穩定狀態。開啟閘門引入海水能達到稀釋營養鹽、穩定水質之效果。
(五)菲律賓簾蛤
慈湖近年有菲律賓簾蛤有數量減少之趨勢。本計畫以底質調查結果建立菲律賓簾蛤出現機率模型，結果指出僅慈湖東側及中間少數區域之底質為適合菲律賓簾蛤生存之棲地，顯示底質改變可能為菲律賓簾蛤減少之主因。另外，本計畫亦發現慈堤外海浮游動物少有二枚貝幼生，顯示新生幼體入添減少可能也是導致菲律賓簾蛤數量減少原因之一。
(六)底質調查
本計畫繪製出慈湖高程圖，整體呈現東側高程較高，西南側最低的情況，地勢與2018年相比改變不大。底質粒徑調查結果顯示東側、中間底質粒徑中值較大，屬於粗砂；西北側粒徑屬於細砂，西南側近閘門處最小，屬於粉泥。此底質分布顯示慈湖底質受到水閘門引進海水時，帶來外海淤泥之影響。顯示慈湖之細顆粒底質如：粉泥、黏土之主要來源應為透過閘門操作，引入海水時輸入慈湖。
本計畫以長石粉方法推估慈湖之淤積速率，結果顯示淤積速率介於0.55~3.59 cm/yr之間，平均速率1.59 cm/yr。長石粉僅能調查固定點位之淤積速率，本計畫預計第2年再執行1次慈湖全面高程測量調查，再透過各底質樣點高程差異，換算慈湖之淤積速率。此方法能更全面瞭解全慈湖之淤積狀況。
(七)慈湖生態推廣課程
本計畫完成1套慈湖生態推廣課程編撰，。2023年已辦理2場課程。為達到向下扎根的目的，2場課程目標年齡層不同。第1場教學對象為國小學童，第2場則為一般民眾。透過課程學習單、回饋單等結果，顯示學員參與度高、課程教學成效良好。