金門慈湖重要濕地生態豐富，是許多野生動物重要的棲息地。然而，自1969年因軍事目的而圍海築堤後，慈湖重要濕地因海水交換不良，加上周邊溝渠民生廢水之營養鹽輸入，慈湖水質近年逐漸出現劣化趨勢。水 質劣化會對水中生物造成直接的負面影響。 因此， 為改善水質劣化問題，金管處自 2017年起藉由調控水閘門的方式來改善水質狀況。透過每月開啟慈堤水閘門，可以將海水引入慈湖重要濕地，增加濕地內的海水循環，也能避免慈湖水深過低。
雖然過去研究對水閘門操作效果有初步結果，但此計畫持續時間較短，且缺乏對水閘門進行控制性操作，難以量化實際之操作成效。因此，本計畫的目的即為延續先前研究，更深入探討水閘門操作成效。透過固定操作控制水閘門開啟時間、高度等，得以科學量化水閘門操作之慈湖水文變化，並透過持續監測水質、底質狀態及底棲生物 變化，提排水閘門操作之最佳管理策略。