【企劃經理科】掌理國家公園計畫之擬定、檢討與變更，國家公園事業案件之審核、監督及土地分區使用申請案件之審核管理，國家公園區域內管制規定之制 定與釋示，以及國家公園區域內有關機關之配合協調事項。
【環境維護科】國家公園內戰役、文化史蹟復舊設施、資源保護設施、遊憩設施、公共設施、解說設施、安全設施、道路及其附屬設施等工程之規劃設計、發 包監督與工程維護、測量及其他有關事項。
【遊憩服務科】國家公園內觀光遊憩業務主要包括：傳統建築及軍事營區活化利用相關業務、園區公共安全、汙水、海漂垃圾清除、遊客管理、遊憩規劃與旅遊事業管理。
【保育研究科】國家公園戰役史蹟、文化遺跡、民俗文物、自然景觀、生態資源之調查研究、保育措施及區內林木植栽經營管理計畫審核與策劃工作等。
【解說教育科】國家公園解說系統之規劃設計、解說人員訓練、解說資料之編印，遊客解說服務、諮詢中心之展示，自然及人文資源保育宣導等事項。
【各管理站】綜理計畫範圍各分區之經營管理、遊憩服務、解說教育、保育宣導、環境清潔維護管理等事項。
【行政室】本處資訊、文書、檔案、出納、財產、車輛管理、庶務、財物採購等事項。
【主計室】依法辦理本處概算、預算、決算之編製、控管執行、審核、財物採購監辦暨各項財物報表審核編製等事項。
【人事室】依法辦理本處人事法制、組織編制、職務歸系、任免遷調、俸給銓審、勤惰管理、考核獎懲、訓練進修、待遇福利、保險退撫及各項人事服務 等事項。