本處設有企劃經理科、環境維境科、遊憩服務科、保育研究科、解說教育科、行政室、東區管理站、西區管理站、烈嶼區管理站，並置主計室與人事室主任各一人；人力配置預算員額59人，公務人員33人、約聘僱人員18人、技工2人、工友2人、駕駛4人，合計59人。